آلودگی به آفات و به ویژه بیماری‌های گیاهی از جمله مهم‌ترین دلایل کاهش تولید در باغ ها بوده و در برخی موارد به نابودی کامل باغ منتهی می‌شود. تعدادی از این عوامل بیماری‌زا از طریق ادوات کشاورزی، خاک، باد، حشرات، پرندگان، حیوانات و انسان به باغ‌ها منتقل می‌شوند که در بسیاری از موارد در صورت استفاده از سموم شیمیایی یا روش‌های به‌باغی و به‌زراعی قابل درمان بوده و خسارات آن‌ها قابل جبران است؛ اما تعداد دیگری از عوامل بیماری‌زای مسری به دلیل فقدان اطلاعات کافی تولیدکنندگان نهال و باغداران در مورد اهمیت و نحوه انتقال آن‌ها، از طریق نهال به باغ منتقل می‌شوند که در بسیاری از موارد قابل درمان نبوده و تنها راه مقابله با
آن‌ها استفاده از نهال سالم و گواهی شده است.
چنین بیماری‌هایی مهم‌ترین عامل زوال باغ‌ها در دنیا بوده و به همین دلایل، در کشورهای پیشرفته و تعداد معدودی از کشورهای در حال توسعه دنیا، سیستم‌های کنترل و گواهی نهال برای ساماندهی به تولید نهال گواهی شده سالم، اصیل و استاندارد، توسعه یافته است.
نهال گواهی شده در احداث باغات دارای دو ویژگی بسیار مؤثر است که شامل تأیید سلامت و تأکید بر اصالت قابل ردیابی نهال می‌باشد. کاشت انواع نهال گواهی شده، به طور معناداری در افزایش تولید کیفی و بهبود شرایط باغبانی تأثیرگذار است. انواع نهال‌های گواهی‌شده، سالم‌سازی و عاری از ویروس شده است و ظرفیتی ایجاد می‌کند که حدود ۳۰ درصد به تولیدات اضافه می‌شود و بهره‌وری افزایش پیدا می‌کند و باغدار می‌تواند با این نوع نهال‌ها، انواع باغ متراکم و یا فوق متراکم با امکان مکانیزاسیون ایجاد کند.
در همین راستا در حال حاضر حدود ۶۸ میلیون نهال دارای مجوز در کشور تولید می‌شود که از این تعداد فقط ۶۳۰ هزار نهال یعنی یک درصد گواهی‌شده و اصالت و سلامت آن‌ها تأیید می‌شود و این امر بایستی هرچه سریع‌تر توسعه یافته و جمعیت بیشتری از نهال‌های تولیدی را شامل گردد.
وظیفه ترویج استفاده از انواع نهال گواهی شده در کشور با معاونت باغبانی، مؤسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال، سازمان حفظ نباتات و سازمان‌های جهاد کشاورزی استان‌ها است که در حال انجام می‌باشد. همچنین همکاری شرکت‌های دانش‌بنیان برای تولید نهال گواهی شده نقش مؤثری در پیشرفت بیشتر ترویج استفاده از انواع نهال گواهی شده در سطح کشور دارد.
نکته اساسی این است که باید برای بهره‌برداران و باغداران، اهمیت استفاده از نهال سالم و گواهی شده به خوبی آموزش داده شود. چرا که برای احداث باغ، کیفیت نهال از نظر اصالت و سلامت اهمیت زیادی دارد و در غیر این صورت، کلیه زحمات و هزینه‌های باغداران را تحت شعاع خود قرار می‌دهد و استفاده از نهال باکیفیت، راندمان استفاده از نهاده‌های دیگر را بالاتر خواهد برد و موجب کاهش هزینه‌های تولید در بخش باغبانی کشور خواهد گردید.
